企业在注销时，如果还有未处理的存货是会涉及到增值税的。

1. 企业注销前的清算

一般企业在注销前是要进入清算程序的。在清算当中就会涉及到各项税费。包括存货、固定资产的处置都会涉及到相关税费。不仅仅是增值税，还有相应的附加税、印花税，所得税。因此，如果能够在清算前花一段时间提前处理相关的资产负债项目，会使清算的程序大大简化。

2. 清算时存货处理

一般在清算时，我们会将存货进行处理，可能涉及到的方式有销售、分配给股东或者偿债、报废。

一般销售是比较常见的方式。如果是通过销售来处理的，一般参考市场价。低于账面价值的，要有充分的理由。没有理由故意做低价格，那么税务机关是有权进行调整的。

另一种是存货报废。企业清算注销的时候，很多时候可能存货的产品已经被市场淘汰，那么这个时候就可以做报废处理。这个时候注意是否需要做进项转出。对于存货的非正常损失，是需要做进项转出的，比如管理不善，霉烂变质造成的存货失去价值。

如果是分配给股东的，那么也要按照市场价值视同销售，计算缴纳增值税。

所以，在存货的处理过程当中，可以选择更为符合当前实际的方式来进行处理，并注意相关的增值税，和最后的涉及到的所得税。

在清算的过程中，除了存货，还需要关注其他的常见涉税项目，包括固定资产、应付账款等等。并且，要注意处理价格的合理性。